Нарушения развития гипоталамо-гипофизарно-гонадной оси с дефицитом других гормонов гипофиза или без него: NR0B1 /DAX1, NR5A1/SF-1, HESX1, LHX3 и PROP1
Гипогонадотропный гипогонадизм, связанный с ожирением: LEP, LEPR и PCSK1
Синдромные причины: синдромы Прадера-Вилли, Барде-Бидля, CHARGE и дефекты срединной линии, такие как септооптическая дисплазия.
Идиопатические формы:
изолированный дефицит гонадотропина
множественный дефицит гормонов гипофиза
Приобретенные причины:
опухоли и кисты: краниофарингиома, астроцитома, герминома и менингиома
инфильтративные заболевания: гемохроматоз, гранулематозное заболевание и гистиоцитоз.
структурные или сосудистые повреждения гипоталамо-гипофизарной оси, включая хирургическое вмешательство, лучевую терапию, травму или апоплексию гипофиза (внезапное кровоизлияние/инфаркт гипофиза, которое может привести к задержке или остановке полового созревания)